Die Philologische Fakultät konnte im Jubiläumsjahr 2007 ihr erst fünfjähriges Bestehen feiern, nachdem 2002 im Zuge einer großen Umstrukturierungsmaßnahme der Fakultätenzuschnitt verändert worden war. Als die Freiburger Universität gegründet wurde, besaß sie bekanntlich auch eine "Artistenfakultät", die seit dem 16. Jahrhundert als "Philosophische Fakultät" bezeichnet wurde und in ihrer Zusammensetzung einem vielfältigen historischen Wandel unterlag. Das im heutigen Sinne geisteswissenschaftliche Profil erhielt diese "Philosophische Fakultät" erst zu Beginn des 20. Jahrhunderts, und damit zu einer Zeit, in der die philologischen Disziplinen zunehmend an Bedeutung gewinnen sollten. Die sich seit den 1960er Jahren verändernden Studien- und Universitätsbedingungen brachten 1970 eine neuerliche Strukturreform mit sich. Die "alte" Fakultät wurde in vier Philosophische Fakultäten aufgeteilt, die der Einfachheit halber durchnummeriert wurden.
Mit der neuen Hochschulgesetzgebung mußte 2002 der Fakultätenzuschnitt wiederum überdacht werden, denn nunmehr ging der Trend wieder zu größeren Betriebseinheiten. Damit konnte die Chance genutzt werden, fast alle explizit sprach-, literatur- und kulturwissenschaftlich orientierten Fächer der ehemaligen Philosophischen Fakultäten II und III in einer neuen "Philologischen Fakultät" zusammenzuführen, der jetzt folgende Seminare und Institute angehören: Seminar für Griechische und Lateinische Philologie, Sprachwissenschaftliches Seminar, Romanisches Seminar, Deutsches Seminar, Englisches Seminar, Skandinavisches Seminar, Slavisches Seminar sowie das Institut für Medienkulturwissenschaft.
Die neuen Fakultäten bildeten eine Gemeinsame Kommission der Philologischen, Philosophischen und Wirtschafts- und Verhaltenswissenschaftlichen Fakultät (GeKo), in der sie ihre Prüfungsordnungen und -verfahren regeln und ein gemeinsames Prüfungsamt organisieren.
Als eine der ersten strukturbildenden Maßnahmen der neu gegründeten Fakultät wurde 2003 ein Sprachlehrinstitut (SLI) als Serviceeinrichtung für alle Angehörigen der Universität (insbesondere für die Studierenden) und die Freiburger Öffentlichkeit gegründet, das eines der modernsten in Deutschland ist: hier können über 30 Sprachen (von Alemannisch über Japanisch bis Sanskrit) gelernt werden.
In den 1980er und 1990er Jahren waren mehrere Fächer der heutigen Philologischen Fakultät an zwei großen Sonderforschungsbereichen (SFB) beteiligt und hatten sogar deren Federführung inne: Im SFB 321 "Mündlichkeit und Schriftlichkeit" (1985-1996) wurden die Spannungsfelder und Übergänge zwischen beiden Kommunikationsformen untersucht. Sprecher des SFB war Wolfgang Raible (Romanisches Seminar); beteiligt waren u. a. die Anglistik, Germanistik sowie die Klassische und die Mittellateinische Philologie.
Im Mittelpunkt des explizit kulturwissenschaftlich ausgerichteten SFB 541 "Identitäten und Alteritäten" (1997-2003) stand die Frage, wie unterschiedliche soziale Gruppen, Institutionen und Verbände (z. B. Staaten, Nationen, Konfessionsgemeinschaften) zusammengehalten werden und wie sich die ihnen angehörenden Individuen soweit integrieren lassen, daß sie im Zweifelsfall ihre Existenz mit der ihrer Gruppe verbinden. Sprecher waren Hans-Joachim Gehrke (Seminar für Alte Geschichte) und Monika Fludernik (Englisches Seminar), die Teilprojekte umfaßten ein breites Spektrum an Fächern aus der Philologischen Fakultät wie u.a. Sprachwissenschaft (Anglistik, Germanistik), Klassische und Mittellateinische Philologie und Literaturwissenschaften (Anglistik, Romanistik, Skandinavistik, Slavistik).
Eine Besonderheit der Freiburger Philologischen Fakultät ist auch heute die fächerübergreifende Lehre und Forschung in den europäischen und außereuropäischen Varietäten der europäischen Sprachen, Kulturen und Literaturen, und dies von den frühesten indogermanischen Sprachen über die Antike und das Mittelalter bis zu den Neuen Medien des 20. und 21. Jahrhunderts. Von der inter- und transdisziplinären Ausrichtung zeugt nicht zuletzt die Tatsache, daß die Philologische Fakultät und ihre Fächer in vielen der in jüngerer Zeit gegründeten wissenschaftlichen Zentren vertreten sind, ja diese Zentren maßgeblich prägen. Dies gilt insbesondere für das Herrmann-Paul-Zentrum für Linguistik, und die Hermann Paul School of Linguistics in denen auch eine Schnittstelle zur Kognitionswissenschaft und zur Neurologie gegeben ist, das Mittelalterzentrum, das Nietzsche-Forschungszentrum,aber auch für das Zentrum für Anthropologie und Gender Studies, das Centre for Security and Society sowie das Africa Centre for Transregional Research. Auch in zahlreichen Forschungsverbünden, so etwa zur "Populärkultur", zur "Intersubjektiven Konstruktion und sprachlichen Kodierung von Schmerz" oder zur Frage von "Recht, Norm, Kriminalisierung", wird der interdisziplinäre Brückenschlag gesucht.
Gerade in den Geisteswissenschaften ist das Renommee der Freiburger Universität national (etwa durch Spitzenplätze im CHE-Ranking) und international anerkannt. Dies unterstreicht auch die Philologische Fakultät durch ihre zahlreichen Forschungskooperationen mit fast allen EU-Staaten und vielen weiteren Ländern, etwa in Osteuropa, Amerika und Asien.